对于亚里士多德，黑格尔在《哲学史讲演录》中说：“虽然他许多世纪以来乃是一切哲学家的老师，但从来没有一个哲学家曾被完全没有思想的传统这样多地歪曲过，这些关于他的哲学的传统说法，过去一直被保存着，到今天情形还是如此。人们把与他的哲学完全相反的观点归之于他……亚里士多德直到最近几乎还未被认识，所流行的乃是关于他的一些最错误的偏见。”
对亚里士多德的误解有多深呢？例如作为经典力学奠基者的伽利略和牛顿歪曲了亚里士多德的运动学说，除此之外，人们也常常把亚里士多德的质料与形式学说庸俗化了。一般认为质料是组成事物的基砖，而形式是空间上的结构，例如造一栋房子，需要木料、砖块、水泥等材料，此外，木料、砖块是按照一定的空间结构和顺序组合起来，需根据设计的图纸施工，这是房子的形式。由于形式只是抽象的空间结构，不具有独立性，所以只有附着在质料上，形式才具有现实性，否则形式只是人脑子里的想法或是设计出来的图纸，正所谓“皮之不存，毛将焉附”。而质料如木料、砖块等是客观存在的，是可以用感官感知到的，这样的质料接近于唯物论所说的物质。由于形式是附加到质料上的，所以质料是一个事物赖以存在的基础，巧妇难为无米之炊，没有建筑材料，房子是不可能盖起来的。既然形式是从外面附加到质料上，所以形式自身是不确定的，例如同样的建筑材料，可以按照不同的图纸施工建造出不同样式的房子。
然而亚里士多德说：
“要求形式的是质料，就像阴性要求阳性，丑的要求美的。不过丑的和阴性的是因偶性而要求美的和阳性的，这一点和质料因本性要求形式不同”。
在亚里士多德看来，质料与形式的关系恰好颠倒过来。如果认为形式依赖于质料而具有了现实性——从图纸到现实的房子的有序结构，那么要求质料的是形式，而亚里士多德却说“要求形式的是质料”。并且质料不是因偶性而要求形式，而是因本性要求形式。艺术家可以把一块石头雕刻成一匹马，也可以雕刻成一头牛，这样的形式是外在的、不确定的，不是内在的、必然的，那么就不能说石头是因本性要求形式。
亚里士多德经常以造房子、雕刻塑像等例子来阐述他的质料形式理论，但他提出这个理论的根本用意是为了说明“实体”的内在生成过程，实体的生成是合乎“自然”的运动，如动植物的生长，而不是像造房子那样是人为的活动。质料与形式也决不是两个东西，质料是运动的起点，是“潜能”，形式是运动的终点，是“现实”。亚里士多德是以运动的终点规定运动的起点和运动过程，所以才说“质料因本性要求形式”。“质料是一种相对的概念，相对于一种形式而有一种质料”，质料是在运动过程中得到规定的，而不是在运动过程之外独立存在的所谓“物质”。亚里士多德的质料形式理论必须放到运动过程中去理解，并且他说的运动是内在的，运动的内在性表现为运动的终结不是外在于运动的起点，而是把运动起点和整个运动过程包含在自身之内。
而通常都把质料与形式割裂，以运动的起点为参照来规定运动过程和运动的终结，所以把质料看作是事物赖以产生的起点，对一个事物来说，质料相对于形式是“逻辑上在先”的，并且对于一个事物自身的产生过程来说，质料也是“时间上在先”。虽然在没有采购造房子的材料之前，可以先设计出图纸，但造房子这个活动本身是以质料为起点的，质料附加上形式后，事物就产生了。所以事物的产生过程即是不断套嵌上形式从而使得事物越来越复杂和具体，技术研发就是研究质料与形式的组合问题。而科学家研究事物的规律则反其道而行，要不断地把形式从事物中剥离出来。作为事物的质料本身也可以再分解成质料与形式，例如砖块也是由质料和形式组合而成的。如果一步步追溯下去，把形式一层层地剥出来，最后就剩下了作为万物基本构成材料的“纯质料”，这“纯质料”或是庸俗唯物论所说的物质，或是科学家们假想的基本粒子。按照自然科学的还原法，科学家们的使命是向前不断追溯质料，最终找寻到基本粒子。可见，为现代科学的还原论背书的就是这种曲解了的亚里士多德的质料形式理论，而亚里士多德是坚决反对德谟克利特的原子论的。
亚里士多德从没有说过有什么纯质料，纯质料可以堆积成一个世界，但绝不会有真正的运动，相反，他倒是说过有纯形式，作为第一推动者的“神”是不夹杂任何质料的纯形式。还原论者把形式抽象化而去不断向前追溯质料，由于形式附加到质料上，可以说是“相对于一种质料而有一种形式”。与之相反，亚里士多德是把质料看做是潜在的形式，所谓运动即是质料在不断“实现”着自身而走向形式（即质料因本性要求形式），形式是质料的“目的”，质料最终被形式所统率。这是以形式规定质料，所以说“相对于一种形式而有一种质料”。
现代科学的还原论是把形式抽出来让质料显现出真面目，是由结果而向前追溯原因，最终指向一种原始的质料，然而这样的纯质料正如彼岸世界的上帝一样是虚幻不实的。而亚里士多德的研究方向恰好相反，既然“质料因本性要求形式”，对某质料的本性的认识须放在运动过程中来认识，不是质料本身是什么，而是在运动过程中，质料展现出什么。
还原论者是“溯洄从之”，亚里士多德是“溯游从之”，可不要小看这个差别，真可谓差之毫厘，谬以千里。惟有运动才能“尽”万事万变，各门自然科学都是以不同层次的运动为主题，然而正是把质料与形式的关系颠倒，从而把现实的运动也抽象化。对事物的不断还原，其实是一步步在走向虚无。亚里士多德说：“正在产生过程中的事物总是显得尚未完成和正在趋向其根源，因此，在产生中在后的事物在自然中却是在先的”。亚里士多德理解的运动是一种自我生成、自我发展，在运动过程中越靠后其内涵越丰富，运动的终结相对运动的起点是时间上在后的，但逻辑上是在先的。所谓“逻辑上在先”作为一种先验论的目的论常常被斥之为唯心主义，其实“逻辑上在先”正说明运动是始终指向自身的，是内在的，由于运动是内在的，运动终结包含着运动起点和整个运动过程，所以才可以说在运动起点处已经存在着运动所要实现的目的。
测量工具的精度必须大于测量对象的尺度，质料是运动的起点，形式是质料所要实现的目的，比质料的内涵更丰富和具体，亚里士多德以形式为“参照系”来认识质料，符合认识论的这一基本规律。而近现代科学的还原论却与之背道而驰，他们用简单的东西来说明复杂的东西，但这不是“易简而天下之理得矣”，“易简‘的“简”是“守约而施博”，是包含多样性的同一性，而不是与复杂相对立的所谓简单。对事物的每一次的还原，就会剥掉一层形式，事物的内涵就越贫乏，最终是以“无”说“有”，这样的事物好像是主观建构出来的，而不是自我生成的。
以某一个参照物来描述研究对象的运动过程，这是以“无”说“有”，参照物是静止的，速度为0，这是“无”，研究对象具有一个外在的速度，这是“有”，运动的外在性就表现在“无”与“有”的绝对割裂。把物质的性质归结为某粒子的排列组合（如金刚石与石墨），把物质的变化归结为粒子的运动（如热现象），这也是以“无”说“有”。因为粒子之间的结构正是基于牛顿的绝对空间而构造的一种抽象的秩序，粒子的运动也是以外在空间为参照的抽象运动，其实这样的秩序和运动都是“无”，粒子自身也是“无”。所以，不能以某物之外的他物为参照系来认识此物自身的运动，因为运动是事物自身的事情；不能把事物的性质归结到所谓内在组成单元，因为这样的组成单元其实是一个“他者”，不是事物自身。现代科学还停留在德谟克利特的原子论的水平上，德谟克利特正是以虚空的“无”来规定原子的“有”，虚空也为原子的运动提供场所。巴门尼德也是以“无”说“有”，虽然他说“非存在者不存在”，但他的绝对的“有” 是“存在却不经过生成”， 必然包含着其对立面——绝对的“无”。
亚里士多德以形式规定质料，把运动的开端放到运动的终结处去认识，这样的运动是内在的，是有无相生，是发展，是自我生成。僧肇大师说：“更无无用之寂，而主于用也”，如果认为事物先存在，然后再有事物的运动，这已经是把体用割裂为二了。如果我们追问一个事物“是”什么，其实即是以该事物以外的他者来描述它，事物的本质已经被遮蔽了。这样的作系词的“是”只是把主词和宾词连接起来，不是亚里士多德所说的“是其所是”。亚里士多德说运动没有一个真正的开端，但运动存在着一个终结（没有纯质料，但有纯形式），正是把运动的主体融入到运动过程，所谓“物皆事也”。不是事物本身是什么，而是在运动过程中事物展现出什么，这才是事物本质的自身呈现。近现代科学所说的运动是一条射线，作为运动主体的事物是射线的起点，运动由起点向外无限延伸。亚里士多德说的内在运动好像是一条方向相反的射线，运动从无限远处向一个终点收摄，其实不是射线，而是返回自身的圆圈。
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