前几天刚有人问过了，楼主应该是用vs制作的打包程序，vs打包会出现这种情况，刚才打开vs制作的msi文件研究了一下，发现是vs打包后shortcut的target属性设置问题导致的，解决方法如下：

1、到网上下载orca工具，也就是打开msi文件数据库的工具

2、安装orca后，用orca打开msi安装包，在左边的Tables列表中找到Shortcut表，在右边记录中找到Directory为DesktopFolder的记录，修改该记录的Target属性为 [TARGETDIR]应用程序名称.exe

3、保存修改后的msi文件，安装完成后生成的快捷方式就可以用查找图标和更改图标了

下面是MSDN的解释http://support.microsoft.com/kb/830612/en-us

将快捷方式的目标值是错误的安装使用 Visual Studio.net 创建的是 Windows 安装程序包后

症状通过使用 Microsoft Visual Studio.net 中的安装和部署项目选项，您可以创建一个 Microsoft Windows 安装程序包。 但是...

原因出现此现象的原因在于 Windows 中的 创建快捷方式 功能不支持 Windows 安装程序描述符快捷方式的使用。

替代方法要变通解决此问题，编辑要更改的快捷方式的目标值的安装程序包 （.msi 文件）。可以使用 Orca 数据库编辑器编辑安装程序包。Orca 数据库编辑器是可用的...

1. 通过使用 Orca 数据库编辑器编辑安装程序包，请执行以下操作：
   1. 启动 Orca。
   2. 在 文件 菜单上单击 打开。
   3. 在 打开 对话框找到 Setupproj1.msi 文件所在的文件夹。
      
      注意有关 C:\Setupprojects\Setupproj1\Debug 文件夹中创建该 Setupproj1.msi 文件的详细信息，请参阅"详细信息"中的 的这篇文章部分。
   4. 单击 Setupproj1.msi 文件，然后单击 打开。
   5. 在 表 窗格中单击 文件。
   6. 在右窗格中选择具有值的行在 $ 文件名 中的 WINAPP1.EXE|Winapp1.exe 列，然后副本出现在 文件 列中的相关值。
   7. 在 表 窗格中单击 快捷方式。
   8. 在右窗格中选择具有值的行 SHORTC~1.EXE|Shortcut Winapp1.exe 到 在 名称 列中。
   9. 在 目标 列中的步骤 f 中复制值替换现有的值。
   10. 在 文件 菜单上单击 保存，然后退出 Orca 数据库编辑器。
2. 安装安装项目。
   
   注意如果您的计算机上已经安装了 Setupproj1 安装项目，请按照下列步骤之前将其删除。
   1. 在 Windows 资源管理器中，找到 Setupproj1.msi 文件所在的文件夹。默认状态下，这是在 C:\Setupprojects\Setup1\Debug 文件夹。
   2. 双击 Setupproj1.msi 文件。 将启动安装向导。
   3. 在欢迎使用 Setupproj1 安装向导页中，单击 下一步。
   4. 在选择安装文件夹页上 文件夹 框中键入 C:\InstalledProjects\Setupproj1，然后单击 下一步。
   5. 在确认安装页上单击 下一步。
   6. 在安装完成页上单击 关闭。
3. 验证该快捷方式的目标值，请执行以下操作：
   1. 在 Windows 资源管理器中，找到 C:\InstalledProjects\Setupproj1 文件夹。
   2. 用鼠标右键单击该 快捷方式 Winapp1.exe 文件，然后单击 属性。
   3. 单击 快捷方式的快捷方式 Winapp1.exe 属性 对话框中选项卡。
   4. 在 快捷方式 选项卡上请注意在 目标 框中显示的值是 C:\InstalledProjects\Setupproj1\bin\Winapp1.exe。

状态此行为是设计使然。

更多信息重现此问题的步骤若要重现此问题，请按照下列步骤操作： 创建 Windows 应用程序项目，请执行以下操作： 启动 Visual Studio.net。 在 文件...

重现此问题的步骤

1. 创建 Windows 应用程序项目，请执行以下操作：
   1. 启动 Visual Studio.net。
   2. 在 文件 菜单上指向 新建，然后单击 项目。在 新建项目 对话框。
   3. 在 项目类型 框中，单击 Visual C# 项目。
   4. 在 模板 框中，单击 Windows 应用程序。
   5. 在 名称 框中键入 Winapp1。
   6. 在 位置 框中键入 C:\Winprojects，然后单击 确定。
   7. 在 生成 菜单上单击 生成解决方案。
2. 创建 Windows 安装程序项目，请执行以下操作：
   1. 启动 Visual Studio.net。
   2. 在 文件 菜单上指向 新建，然后单击 项目。在 新建项目 对话框。
   3. 在 项目类型 框中，单击 安装和部署项目。
   4. 在 模板 框中，单击 安装项目。
   5. 在 名称 框中键入 Setupproj1。
   6. 在 位置 框中键入 C:\Setupprojects，然后单击 确定。
3. 将文件添加到 Setupproj1：
   1. 将文件从 Winapp1 文件夹添加到 Setupproj1：
      1. 在 文件系统 (Setupproj1） 选项卡，用鼠标右键单击 应用程序文件夹，指向 添加，然后单击 文件。在 添加文件，将出现对话框。
      2. 添加文件 对话框中找到 C:\Winprojects\Winapp1 文件夹。
      3. 选择该 Winapp1 中的出现的所有文件文件夹，然后单击 打开。
   2. 添加 Setupproj1 Bin 文件夹：
      1. 在 文件系统 (Setupproj1） 窗口，用鼠标右键单击 应用程序文件夹 文件夹，指向 添加，然后再单击 文件夹。
      2. 对于新的文件夹的名称，键入 bin。
   3. 将该 Winapp1.exe 的文件添加到 Setupproj1 C:\Winprojects\Winapp1\Bin\Debug 文件夹：
      1. 在 文件系统 (Setupproj1） 选项卡，用鼠标右键单击 bin 文件夹，指向 添加，然后单击 文件。在 添加文件 对话框。
      2. 添加文件 对话框中找到 C:\Winprojects\Winapp1\Bin\Debug 文件夹。
      3. 单击 Winapp1.exe 文件，然后单击 打开。
   4. 将快捷方式文件添加到 Setupproj1：
      1. 在右窗格中用鼠标右键单击 Winapp1.exe，然后单击 $ 创建快捷方式以 Winapp1.exe。
      2. 移动到 应用程序文件夹 文件夹的 快捷方式 Winapp1.exe 文件。
   5. 在 生成 菜单上单击 生成解决方案。在 C:\Setupprojects\Setupproj1\Debug 文件夹中创建 Setupproj1.msi 文件。
      
      back to the "Workaround" section
4. 请退出 Visual Studio.net。
5. 安装安装程序文件，请执行以下操作：
   1. 在 Windows 资源管理器中，找到 C:\Setupprojects\Setupproj1\Debug 文件夹。
   2. 双击 Setupproj1.msi 文件。 将启动安装向导。
   3. 在欢迎使用 Setupproj1 安装向导页中，单击 下一步。
   4. 在选择安装文件夹页上 文件夹 框中键入 C:\InstalledProjects\Setupproj1，然后单击 下一步。
   5. 在确认安装页上单击 下一步。
   6. 在安装完成页上单击 关闭。
6. 验证该目标文件的快捷方式文件存在：
   1. 在 Windows 资源管理器中，找到 C:\InstalledProjects\Setupproj1 文件夹。
   2. 用鼠标右键单击该 快捷方式 Winapp1.exe 文件，然后单击 属性。在 快捷方式 Winapp1.exe 属性 对话框。
   3. 单击 快捷方式 选项卡。
   4. 在 快捷方式 选项卡上请注意在 目标 框中值是 Setupproj1。这是您在步骤 2 中创建的 Windows 安装程序项目的名称。
      
      所需的值在 目标 框是 C:\InstalledProjects\Setupproj1\bin\Winapp1.exe。这是您创建此快捷方式在步骤 3 维，目标文件的路径。